菜苜蓿的主要虫害有蚜虫和小地老虎，防治上要注意综合防治与化学防治相结合。综合防治的主要手段是合理安排轮作，及时清洁田园，利用黄板诱蚜、银灰膜避蚜、防虫网防蚜等。对小地虎可采用春季糖醋液诱杀成虫，利用清晨在危害植株周围捉杀成虫等方法。
化学防治应符合国家有关无公害蔬菜生产中农药使用准则的有关规定，蚜虫一般以春季的4～5月，秋季的10～11月为害较重，每667米2用50%的抗蚜威可湿性粉剂10～30克，或用10%吡虫啉可湿性粉剂10～20克，或20%卫农Ⅰ号水乳剂600倍液交替喷雾。对小地虎的防治可用毒饵诱杀，用90%的晶体敌百虫0.5千克，加水2.5～5千克，与豆饼粉、麸皮等拌和均匀，于傍晚撒在行间株旁，间隔堆放，进行诱杀，用药量可根据植株田间危害情况确定。对低龄幼虫，可喷洒48%的乐斯本乳油1000倍液或50%辛硫磷乳剂800倍液。对高龄幼虫，可用48%乐斯本乳油1500倍液或50%辛硫磷乳油1000～1500倍液灌根。
