南瓜人工授粉的方法很简单，可采摘几朵开放旺盛的雄花，用蓬松的毛笔轻轻地将花粉刷入干燥的小碟内，然后再蘸取混合花粉轻轻涂满开放雌花的柱头上，授粉以后，顺手摘张瓜叶覆盖，勿使雨水侵入，以提高授粉效果。
人工授粉后，一般过两三天就能知道授粉是否成功了。授粉成功的南瓜，雄花会掉落，雌花上面的花蕾也会慢慢萎缩，但是雌花下面的小瓜就开始生长了，在这个时候就说明授粉成功了。
1、授粉时，如果遇到阴雨天，可先将要开放的雌花、雄花扎住花冠，等到雨停后，再将花冠打开进行授粉，然后再用叶片覆盖授过粉的雌花。
2、开的比较大、花粉量比较充足的雄花，一朵可以授2-3朵雌花。开的小、花粉量少的瓜可能只能授一朵了。
3、授粉之后，一定要隔天回头看，检查有没有授粉成功，没授上粉的话还要再给补一遍。因此，在授粉的时候最好做好标记，避免重复工作。
4、以早熟栽培为主的南瓜，常常第一朵雌花比第一朵雄花提前开放，或因早期温度低影响正常授粉。针对这一问题，通常可于雌花开放之际，用10-20ppm的2，4-D或萘乙酸涂花，进行保花保果，对于提高南瓜早期产量有显著的效果。
