选择适当的穴盘，选择好的基质，并正确地填充基质，打孔，将种子均匀播入穴孔的中央，给种子均匀覆盖，适当浇水。这就完成了工厂化穴盘育苗的第一步工作。
基质至少要有5mm的深度才会有重力作用，使基质中的水分渗下，空气进入穴孔越深，含氧量就越多。穴孔形状以四方倒梯形为宜，这样有利于引导根系向下伸展，而不是象圆形或侧面垂直的穴孔中那样根系在内壁缠绕。较深的穴孔为基质的排水和透气提供了更有利的条件。
有些穴盘在穴孔之间还有通风孔，这样空气可以在植株之间流动。使叶片干爽，减少病害，干燥均匀，保证整盘植株长势均匀。
穴盘的颜色也影响着植株根部的温度。一般冬春季选择黑色穴盘，因为可以吸收更多的太阳能，使根部温度增加。而夏季或初秋，就要改为银灰色的穴盘，以反射较多的光线，避免根部温度过高。而白色穴盘一般透光率较高，会影响根系生长，所以很少选择白色穴盘。当然白色的泡沫穴盘可以例外。
经过彻底清洗并消毒的穴盘，亦可以重复使用，推荐使用较为安全的季铵盐类消毒剂，也可以用于灌溉系统的杀菌除藻，避免其中细菌和青苔滋生。不建议用漂白粉或氯气进行消毒，因为氯会同穴盘中的塑料发生化学反应产生有毒的物质。
基质的选择：
好的基质应该具备以下几项特性：理想的水分容量；良好的排水能力和空气容量；容易再湿润；良好的孔隙度和均匀的空隙分布；稳定的维管束结构，少粉尘；恰当的PH值，5.5-6.5；含有适当的养分，能够保证子叶展开前的养分需求；极低的盐分水平，EC要小于0.7（1：2稀释法）；基质颗粒的大小均匀一致；无植物病虫害和杂草；每一批基质的质量保持一致。
由于颗粒较小的蛭石的作用是增加基质的保水力而不是孔隙度。要增加泥炭基质的排水性和透气性，选择加入珍珠岩而不是蛭石。相反，如果要增加持水力，可以加入一定量的小颗粒蛭石。
表1：两种进口水苔泥炭的特性比较： 项目 浅棕色泥炭 黄褐色泥炭 结构 质地较粗，轻，透气极好，变干速度很快 质地适中，有较佳的透气性，变干的速度慢，且比较均匀，水分的供应良好。 透水性 透水速度快，炎热季节需要经常浇水，流失过多的营养物质，提高了人工和肥料成本。 透水适中，能够保存植物所需的水分和营养物质 腐殖化程度 腐殖化程度低，缓冲性能差，幼苗根系容易受PH/EC剧烈变动的影响，遭受损害并易染病 腐殖化程度适中，缓冲性能好，可以很好地保持并释放肥料。 注意以下几点：
1、基质在填充前要充分润湿，一般以60%为宜，用手握一把基质，没有水分挤出，松开手会成团，但轻轻触碰，基质会散开。如果太干，将来浇水后，基质会塌沉，造成透气不良，根系发育差。
2、各穴孔填充程度要均匀一致，否则基质量较少的穴孔干燥的速度比较快，从而使水分管理不均衡； 3、播瓜类等大粒种子的穴孔基质不可太满；
4、避免挤压基质，否则会影响基质的透气性和干燥速度，而且由于基质压得过紧，种子会反弹，导致种子最终发芽时深浅不一。
注意：打孔的深度要一致，保证播种的深度也一致。
一般种子越大，播种的深度就越深。
四、均匀覆盖
常见的几种蔬菜种子都需要在黑暗条件下才能顺利萌发，所以选择恰当的覆盖物也很重要。覆盖物的选择要考虑几个方面：可以提高种子周围的湿度、保持良好的透气能力，以给种子提供足够的氧气。推荐使用大颗粒的蛭石作为覆盖物。而珍珠岩覆盖容易滋生青苔。
五、播种后初次浇水：
两个选择方案：种子在苗床上萌发，要先浇少量的水，待穴盘全部移至苗床后，再浇一下次透水。若种子在催芽室或简易催芽空间（草苫覆盖保湿后），那么在进入催芽室之前要浇透水。建议用雾化喷头或喷水细密的喷头。
穴盘育苗有哪些优点？
穴盘育苗的开发与研究始于1971年，我国近几年大量用于蔬菜和花卉商品育苗。用穴盘育苗是一项新技术。穴盘是分格的，播种时1穴1粒，分苗时1穴1株。通过大量生产实践证明，它与常规育苗相比有以下优点：
（1）改善劳动环境，便于手工操作。可坐在温室的休息室内，把穴盘放在操作台上，往穴盘里播种或分苗。作业后放到温室里。
（2）节省育苗场地和降低成本。用穴盘播种，让小苗在穴盘里生长，长大后再移入育苗钵、或开沟分苗、或定植；在育苗盘里播种，把籽苗移入穴盘，长大后再移入育苗钵、或开沟分苗、或定植；这样开始占地少，尤其适于在早春温度低时培育小苗，外界温度升高后再移入其他保护地培育成苗，可减少加温费用。如果不用较大的苗定植，可直接用穴盘苗栽培。
（3）便于规范化操作。可以采用机器播种，适宜工厂化大量育苗，省工、省力、效率高，我国目前工厂化育苗都采用穴盘。
（4）有效地遏制了土壤病害的蔓延。由于播种时1穴1粒，分苗时1穴1株，互相间被隔开，土壤病害不能传染蔓延。
（5）移入较大的容器或苗床里培育大的秧苗时不缓苗，成苗率高。直接用穴盘苗定植，只要露地气候条件不十分恶劣，缓苗期短。
（6）运输方便。在运输车里穴盘可以立体多层摆放，非常适宜远距离运输。从播种室运到成苗室，或把穴盘苗从高温处移到低温处、从相对弱光处移到强光处，或从育苗室运到耕地里定植都很方便。
培育生长量较小的苗用穴盘，培育生长量较大的苗用育苗钵或在苗床开沟培育。穴盘苗小，抗性弱，大地条件恶劣的最好不用穴盘苗。
穴盘育苗和常规育苗相比有以下几个优点：
（1）节能、省工、省力、效率高
穴盘育苗采用精量播种，一次成苗，从基质混拌、装盘、播种、覆盖等一系列作业实现了自动控制，苗龄比常规苗缩短10～20天，劳动效率提高了5～7倍。常规育苗人均管理2.5万株，穴盘育苗人均管理15万株，由于机械化作业管理程度高，减轻了作业强度，减少了工作量，常规育苗每个土坨平均为0.5～0.75千克重，每定植1公顷蔬菜（平均6万株）相当于搬走30～45吨土，而穴盘育苗采用轻基质，定植时每株苗只有35～50克重，定植1公顷地只相当于常规育苗工作量的1/10。
（2）节省能源、种子和育苗场地
穴盘育苗是干籽直播，1穴1粒并且集中育苗，每万株苗耗煤量是常规苗的25%～50%，节省能源2/3。单位面积上的育苗量比常规育苗高，根据穴盘每盘的孔数不同，每公顷地可育苗315万～1080万株。采用穴盘育苗能有效地增加保护地生产面积。以北京为例，春季大约40%以上的温室面积被用作蔬菜育苗，采用穴盘育苗，京郊育苗温室面积可减少80%，生产温室面积可增加1.5倍，对缓解首都市场蔬菜供应带来明显效益。
（3）成本低
和常规育苗相比，成本可降低30%～50%。
（4）便于规范化管理
在缺少育苗技术的地区尤其适合。
（5）采用穴盘
育苗，由于幼苗的抗逆性增强，并且定植不伤根，没有缓苗期如果是裸根苗，成活率常常受到影响，而穴盘育苗属于带坨移栽，所以定植到田间后，缓苗快，成活率高。
（6）适宜远距离运输
穴盘育苗是以轻基质无土材料作育苗基质，这些育苗基质具有比重轻、保水能力强、根坨不易散等特点，适合远距离运输。穴盘苗重量轻，每株重量仅为30～50克，是常规苗的6%～10%，基质保水能力强，根坨不易散，可以保证运输当中不死苗。
（7）适合于机械化移栽
移栽效率提高4～5倍。它为蔬菜生产机械化开辟了广阔的前景。
（8）解除农民的后顾之忧
使农民从“小而全”农业中解放出来。
（9）有利于推广优良品种
减少假冒伪劣种子的泛滥危害，有利于规范化科学管理，提高商品苗质量。缓解蔬菜淡季市场，丰富人民的菜篮子。
穴盘育苗体系的建立，使蔬菜育苗实现了专业化，供苗实现了商品化，生产过程实现了机械化，因此，在欧美等发达国家这一育苗技术正在得到迅速普及。北京蔬菜研究中心的育苗专家于1986年将此项技术引进我国，并对该技术进行了潜心研究，目前我国已建成大大小小40多座育苗场。
