首先，水果糖的含糖量较高，而糖分对于湿度比较敏感，如果环境湿度大于50%，就会容易使得水果糖吸潮融化。所以在保存水果糖时，应将水果糖存放于密封容器内，避免水果糖和空气直接接触。
其次，不能将水果糖长期暴露在阳光下保存。阳光长时间的照射，会使得水果糖的温度骤升，从而使其出现融化现象。比较好的方法是将水果糖放入玻璃瓶中低温存放，因为水果糖怕热怕潮，可以装入玻璃瓶，在室内温度较低且不潮湿的地方存储。
另外，水果糖贮存时间不应过长。铁盒子贮存硬糖不超过9个月，普通糖果不宜超过半年，含脂肪蛋白较多的糖果的存放期一般为3个月左右。贮存时间过长就容易出现返潮、发沙、酸败等问题。
