申报增值税时是按不含税的。减免税额转入营业外收入这部分收入要交所得税的。销售免税的农产品如果小规模升为一般纳税人：进项税额不予抵扣，销项税额按规定计算，同时按要求转入营业外收入核算。
小规模纳税人中的企业和非企业性单位，当月销售额（含应税销售额、政策性免税销售额、出口免税销售额和固定资产处置销售额）未超过3万元的（按季申报为9万），应将其中的应税销售额和固定资产处置销售额部分填入第7栏小微企业免税销售额栏次，而第1、4栏不再填入数据。
扩展资料：
《增值税纳税申报表》中“本期销项税额”的合计数等于《增值税（专用/普通）发票使用明细表中专用发票销项税额合计数、普通发票销项税额合计数、不开发票销售的货物或应税务劳的税额三者之和。
《增值税纳税申报表》中“本期进销项税额”的合计数等于《（专用发票/收购凭证/运输发票）抵扣明细表》中专用发票进项税额合计数、收购凭证进项税额合计数、运输发票进项税额合计数三者之和。
百度百科-增值税纳税申报表
农产品核定扣除增值税进项税额计算表是为加强农产品增值税进项税额抵扣管理，经国务院批准，对财政部和国家税务总局纳入试点范围的增值税一般纳税人购进农产品增值税进项税额，实施核定扣除办法。
农产品核定扣除增值税进项税额计算表：
1、 单一使用农产品原材料生产的试点企业应转出进项税额计算方法：
（1）抵扣凭证为农产品收购发票或者销售发票的：
期初转出进项税额=（期初库存农产品金额+库存半成品、产成品耗用的农产品金额）/（1-13%）×13%(11%，10%)
库存半成品、产成品耗用的农产品金额=库存半成品、产成品金额*单耗扣除标准
（2）抵扣凭证为增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书的：
期初转出进项税额=（期初库存农产品金额+库存半成品、产成品耗用的农产品金额） × 13%(11%，10%)
库存半成品、产成品耗用的农产品金额=库存半成品、产成品金额*单耗扣除标准
（3）混有前两种抵扣凭证的，按上述两类抵扣凭证开具金额（含税价）的比例分别计算。
抵扣凭证为农产品收购发票或者销售发票的，计算转出进项税额时应先将期初数还原为农产品买价，再乘以抵扣率计算转出额，所以要先除以（1-13%），注意区分尚未生产领用未加计扣除的农产品。
2、以购进农产品为原料生产货物的，核定扣除方法如下：
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期农产品耗用数量×农产品平均购买单价（含税） ×扣除率/(1+扣除率)
当期农产品耗用数量=当期销售货物数量（不含采购除农产品以外的半成品生产的货物数量） ×农产品单耗数量
平均购买单价是指购买农产品期末平均买价，不包括买价之外单独支付的运费和入库前的整理费用。计算公式如下：
期末平均买价=（期初库存农产品数量×期初平均买价+当期购进农产品数量×当期买价）/（期初库存农产品数量+当期购进农产品数量）
注意：计算公式中，扣除率为销售货物的适用税率；
期初平均买价指上月末平均买价（财税〔2012〕38号）
3、纳入试点的纳税人购进农产品直接销售、购进农产品用于生产经营且不构成货物实体的，应按照《核定扣除办法有关问题的公告》的规定向主管税务机关报送《购进农产品直接销售核定农产品增值税进项税额计算表》、《购进农产品用于生产经营且不构成货物实体核定农产品增值税进项税额计算表》进行备案。
（1）试点纳税人购进农产品直接销售的，核定扣除方法如下：
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期销售农产品数量/（1-损耗率） ×农产品平均购买单价× 13%/（1+13%）
损耗率=损耗数量/购进数量
（2）试点纳税人购进农产品用于生产经营且不构成货物实体的（包括包装物、辅助材料、燃料、低值易耗品等），核定扣除方法如下：
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期耗用农产品数量×农产品平均购买单价× 13%/（1+13%）
注意：试点纳税人销售货物，应合并计算当期允许抵扣农产品增值税进项税额。
