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主要原因是因为光线的折射。
阳光直射到水中，能再反射到人眼里的只有几种光，而这几种光反射出的颜色由水深决定
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原因还有的是：水对不同波长的光的吸收、反射和散射的程度也不同。
太阳光由红、橙、黄、绿、青、蓝、紫七种颜色组成，这七种颜色的光，波长各不相同，从红光到紫光，波长逐渐变短，长波的穿透能力最强，最容易被水分子吸收，短波的穿透能力弱，容易发生反射和散射。光波较长的红光、橙光、黄光，射人水后，随水的深度的增加逐渐被吸收了。一般说来，在水深超过100米的地方，这三种波长的光大部分能被水吸收，并且还能提高海水的温度。而波长较短的蓝光和紫光遇到较纯净的水分子时就会发生强烈的散射和反射，于是人们所见到的海洋就呈现一片蔚蓝色或深蓝色了。湖泊因悬浮物质增多，颗粒较大，对绿光吸收较弱，散射较强，所以多呈浅蓝色或绿色。
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当然还有其他的原因：
①水里面营养比较丰富，生长了很多藻类植物，呈现出绿色；
②可能藻类不是很多，但水质可能不是很清澈，看起来深绿偏黑；
