有机液肥施用时可以高温杀菌。有机肥通常应该在土壤消毒闷棚前施用。
1、未完全腐熟的有机肥料经过闷棚处理，会得到进一步腐熟；
2、有机肥料中的病原菌、害虫等有害微生物经过高温闷棚处理，基本上被杀灭，不会再对作物产生危害。
3、超过有效期的微生物菌肥、生物有机肥也应当在土壤闷棚消毒前施用，以防杂菌污染消毒后的土壤。土壤消毒前施用对有机肥的养分有损失的，尤其是肥料中的氮，损的失大一些，有机肥料中磷和钾不会有大的影响。在通过消毒有机肥养分的损失与杀灭有机肥料可能带病菌之间抉择，就是宁损失点养分也不要消毒后再施用带病菌有机肥料。在高温闷棚灭菌时，土壤表层的有益菌和有害菌其实是都会被杀死的。故而，菌肥，是应该在闷棚后使用的。否则，表层土壤内的生物菌处于“空仓期”，土壤深层的有害菌还是会涌上来的。高温闷棚后，适当增施菌肥，才能有效抑制根部病害发生。
