以色列可以分为四个不同的区域：海岸平原、中部丘陵、约旦大裂谷（东非大裂谷北部起点）以及内盖夫沙漠。
地中海沿岸的海岸平原从北部的黎巴嫩边界一直延伸至南部的加沙，该地区土壤肥沃而潮湿，是农业和水果栽种的重要地带。海岸平原的东部是中央的高原地带，高原地带的北边是加利利山脉的山丘，更南边的地区是由许多小型而肥沃的溪谷地区所组成的撒马里亚山脉；再往南则是荒芜的朱代（Judea）山丘地区。中央高原地带的东部是约旦大裂谷，属于长达6500公里的东非大裂谷的一部分。在以色列境内的裂谷是由约旦河、加利利海、以及死海所构成。内盖夫沙漠由大约12000平方公里的沙漠组成，占据了以色列的一半土地面积，在地理上内盖夫沙漠是属于西奈半岛的延伸。 以色列属于夏季干热的地中海型气候，从海拔2810米的黑门山，一直到降至水平线以下392米的地球最低处──死海，气候区域性明显，状况各不相同。海岸平原夏季湿热，冬季略冷有雨，在山丘区域偶有小雪。在约旦山谷区域夏季干燥炎热，南方区域则属半干燥型气候，白天暖热，夜晚凉爽。
以色列是有着地中海型气候，特征为漫长而又炎热、少雨的夏季，以及相对较为短暂而又凉爽、多雨的冬季。以色列的气候是由邻近的亚热带撒哈拉和阿拉伯沙漠地带、与地中海东部沿岸的亚热带湿热气候所共同影响的，气候的状况在以色列国内各地也有相当差异，并且会因为各地高度、纬度、以及与地中海的距离而变化。
