农药的“三致”作用指的致畸、致突变和致癌。
致畸是指农药干扰胚胎或胎儿的正常生长发育，造成器官形态结构的异常而形成畸胎或畸形儿的毒性。致突变是指农药损伤生物遗传物质造成不可逆诱变的作用。这种诱变如发生在体细胞则影响个体本身，如发生在生殖细胞则可遗传给下一代。致癌是指农药能引起人或动物发生恶性肿瘤的作用，可表现为发癌率增高、发癌时间缩短，或两者均有。
科学合理使用农药应当做到以下几点：
遵守农药安全使用规则：严格禁止剧毒、高毒、高残留或具有三致性（致癌、致畸、致突变）的农药在无公害农产品上使用。
遵守农药安全间隔期：安全间隔期是自喷药后到残留量降至最大允许残留量时所需要的时间。
安全防护措施：施用农药的人员必须做好安全防护措施，防止施药人员中毒。
减少用药：通过耕作措施，能消灭部分病虫，造成不利于病虫发生的条件，同时提高作物抗病虫的能力，从而减少用药。
从天然产物中直接开发商品化农药。研究生物活性天然产物的一个重要意义就是可以从天然产物中直接开发商品化农药。天然产物农药高效、安全，且环境相容性好，在植物病虫害防控、保护我国粮食安全领域具有不可或缺的战略地位。
