由于环境条件不适宜或管理不善所引起的黑木耳病害称为非侵染型病害。主要表现为烂耳、菌袋褐变、红根、黄耳等。
防治原则是以防为主、综合防治、防重于治。
1、把握好菌种质量关
栽培用的菌种，要保证高产、优质，菌种生活力旺盛，菌种旺盛，具有较强的抗逆性及抗病虫害能力。把好质量关必须做到菌种生产整个过程无菌操作；及时进行菌种复壮、淘汰老化、退化及劣质菌种，并减少传代次数，以保证优良菌种的生长活力。
2、搞好环境卫生
环境卫生是黑木耳病害综合防治的重要环节。良好的卫生环境，可有效的减少病害的发生与蔓延。首先搞好培养室的卫生，培养室、地栽场地等与黑木耳生产有关的场所应尽量远离能产生生活垃圾的场所，培养室内要粉刷墙壁，安装纱布纱窗；其次是搞好栽培期的卫生，生产中要定期消毒灭菌，黑木耳栽培时使用的工具都应及时洗净消毒。及时处理废弃菌袋，并对周围环境及所有器具进行彻底消毒。
3、培养料的处理
栽培黑木耳要尽量选用新鲜、无霉变的原料，培养料的配制要充分考虑到栽培菌种的定植及生长发育，使之很快形成优势菌，从而抑制杂菌，并提高抗病能力；培养料配制时含水量要适宜。
4、改善生长环境
黑木耳病害的发生和危害的轻重，在很大程度上取决于各种环境因素，因此在日常的管理中，应尽可能的对黑木耳生长发育所需要的营养成分、温度、湿度、光照强度、PH值、通气条件等进行科学的调配和管理，使整个环境条件适合黑木耳的生长而不利于杂菌的生长。
5、药物防治
栽培食用菌时一般不提倡用药剂防治病虫害，只有在万不得已的情况下才使用药剂，用药品和用药量应符合NY/T393、NY/T394绿色食品农药使用准则的要求，不得使用高毒、高残留农药。
