西南大学有马克思主义学院、政治与公共管理学院、经济管理学院、法学院、文化与社会发展学院、教育学院、心理学院、体育学院、文学院、外国语学院、新闻传媒学院、音乐学院、美术学院、历史文化学院（民族学院）、数学与统计学院、物理科学与技术学院、电子信息工程学院、化学化工学院、生物技术学院、地理科学学院、材料与能源学部、资源环境学院、计算机与信息科学学院（软件学院）、工程技术学院、生物技术学院、纺织服装学院、西南大学食品科学学院。
以及园艺园林学院、农学与生物科技学院、植物保护学院、动物科技学院、药学院（中医药学院）、西塔学院、应用技术学院、荣昌校区、继续教育学院36个学院。
马克思主义学院西南大学马克思主义学院成立于2010年5月5日，是直属西南大学的独立二级教学研究机构。设有马克思主义基本原理教育系、马克思主义中国化教育系、思想政治教育系、中国近现代史教育系、教师教育系和研究生思想政治理论课教学部。政治与公共管理学院西南大学政治与公共管理学院属于西南大学下属的二级学院，始建于1950年。1959年开始招收政治教育本科学生，1981年开始招收硕士研究生，2004年开始招收博士研究生。先后分离出经济学院、法学院、马克思主义学院，于2012年6月调整完成为西南大学政治与公共管理学院的建制和规模。
