1、定义不同
花菇是香菇的子实体在特殊环境下产出的优等菇，而香菇是花菇、冬菇、金钱菇等菇类的总称，意为香菇包含花菇，而花菇不等于香菇的关系。
2、外观不同
花菇表面呈黑白色，带明显黑白裂开花纹，纹路凹凸不平，菇朵比较肥厚。
而香菇一般表面呈黑色或黑褐色，菇朵平滑厚实，菇内褶皱呈淡**，肉质比花菇略薄。
3、生长环境不同
花菇属于喜低温菌类，生长速度较慢，养殖时外界温度越低，与室内温差越高，花菇就更易生长，而香菇属于中等温度菌类，外界的空气、温度、光线都没有太高要求，主要保持通风，补光即可生长，生长速度较快。
