两系法水稻制种平均亩产可达210．6kg，比三系法增产16．5%。
研创了低纬度海南冬繁、常温加冷水灌溉夏秋两季繁殖、高海拔自然低温夏繁等3套两系不育系高产稳产繁殖技术体系，繁殖平均亩产可达386．5kg，比三系法增产153．4%，成本减少了50%。
两系法杂交水稻技术将水稻亩产量由700公斤提高到988公斤，为保障我国的粮食安全做出了巨大贡献。
两系法杂交稻具有育性受核基因控制，没有恢保关系，配组自由；种子繁育程序简单，成本低；稻种资源利用率高，选育出优良组合机率高等优点。该项目经过20多年的攻关，建立了光温敏不育系的两系法杂种优势有效利用的新途径，解决了三系法杂交稻的主要限制因素，使水稻杂种优势利用进入一个新阶段。
技术体系
1、建立了完善的杂交水稻育种体系，提出了育种方法从三系法→两系法→一系法，优势水平从品种间→亚种间→远缘杂种优势利用的杂交水稻育种战略；阐明了育性转换与光温变化的关系；探明了不育系温敏感时期和敏感部位的不育系光温作用机制。
2、提出了不育起点温度低于23．5℃的实用光温敏不育系关键技术指标选育理论，研创了不育起点温度低于23．5℃的实用光温敏不育系选育与鉴定技术。
3、建立了形态改良、亚种间杂种优势及远缘有利基因利用相结合的两系法超级杂交稻育种技术路线。
三系法杂交水稻杂种优势利用的主要途径是通过培育雄性不育系（A）、雄性不育保持系（B）、雄性不育恢复系（R），简称三系，实现三系配套。通过选配强优势杂交组合和繁殖配制杂种，大面积种植杂种一代而实现的。种子生产体系包括不育系繁殖与杂交稻制种。不育系繁殖是不育系保持系，并在人工或天然隔离条件下，辅以人工授粉等措施，来繁殖新的不育系种子，而保持系则通过自交结实获得新种子。由不育系恢复系而配制成的达到高纯度标准的杂种F1种子用于生产，而恢复系是通过自交结实来获得种子。
早在1958年，日本东北大学胜尾清以中国红芒野生稻为母本与日本品种藤坂5号杂交，发现中国红芒野生稻具有导致藤坂5号产生雄性不育的细胞质。1960年，日本琉球大学新城长有以印度籼稻钦苏拉包罗Ⅱ（Chinsurah Boro Ⅱ）为母本与我国台湾省台中65号杂交，发现钦苏拉包罗Ⅱ有导致台中65号雄性不育的细胞质，并育成包台型（即BT型）台中65雄性不育系，同时把钦苏拉包罗Ⅱ的恢复基因导入台中65的细胞核，育成了BT型不育系的同质恢复系，于1968年实现三系配套。1968年日本农业技术研究所以缅甸里德稻（Leed rice）（籼）与藤坂5号（粳）杂交，并经过连续回交，育成了具有里德细胞质的藤坂5号不育系，并找到了有较强恢复力的福山（粳）为恢复系。由于BT型和里德型不育系配制的组合优势不强而未能应用于生产。
我国袁隆平最早于1964年开始研究水稻的雄性不孕性（袁隆平，1966）。曾从洞庭早籼、胜利籼等品种中找到能遗传的雄性不育株，并育成南广占等不育系材料，但未能找出它们的保持系。1970年冬在海南南繁时，袁隆平的助手李必湖在海南岛崖县南红农场沟边的普通野生稻（italicOryza rufipogon）群落中发现一株花粉败育株（简称野败）（Wild abortive简称WA type），并用广场矮3784、6044、京引66等品种测交发现对野败不育株有保持能力。经全国协作研究组的协作攻关，1973年江西、湖南、福建等省先后育成了珍汕97A、二九南1号A、威20A、威41A等野败型不育系。1973年又筛选出来自东南亚的籼稻品种泰引1号、国际水稻研究所（IRRI）的育成品系或品种IR661、IR24、IR26等具有较强的恢复能力并进而育成恢复系，终于实现了我国野败型杂交籼稻“三系”配套，并配制出一批强优势组合，宣告我国籼型三系杂交稻的育成，并于1976年起较大面积推广。
在粳型三系杂交稻研究方面。1965年秋，云南省的李铮友在云南保山县种植的台湾粳稻品种台北8号大田中发现了一株半不育以及低不育稻株，用当地种植面积较大的粳稻品种红帽缨为父本，经三次回交，于1969年育成细胞质为台北8号的红帽缨不育系，并定名为滇一型不育系，成为我国最早选育的粳型雄性不育系。随后云南省又育成其他滇型不育系。辽宁省杨振玉于1972年利用包台型不育系与日本引进的优良品种黎明、丰锦等转育成黎明A、丰锦A等不育系。与此同时，利用籼粳杂交创制恢复系，从（IR8/科情3号）F1京引36（日本品种三好）的复合杂交后代中选出C57、C55等一批恢复系，并于1975年育成黎优57，实现粳稻三系配套。但粳型三系杂交稻组合的杂种优势不及籼型杂交稻组合。目前生产上仍以推广籼型三系杂交稻为主。
