首先说明，农产品质量的安全问题包括有毒有害物质残留、微生物污染、生物毒素、掺杂使假混入不合理物质等。
再说明一个事情，影响农产品质量的安全问题包括：
农业产地环境的变化，例如土壤本身地质、工业三废、居民生活垃圾等。
致病性寄生虫、微生物或者生物毒素的变化，例如2011年的德国毒黄瓜事件就是豆芽菜毒素造成的。
农业投入品的变化，例如农药、肥料、激素等。
现代农业生产技术方面变化，例如转基因技术。
包装、保鲜以及加工方面技术变化，例如添加剂、保鲜剂、防腐剂。
其中农药方面，其具体表现有如下四点：
农药中不少成分是毒性物质，或多或少都会有小部分残留在农产品体内，而这些微量的毒性物质对人体会带来一定的影响。
农药中如果使用到一些重金属物质，有可能会导致某些指标超标，而不能被一部分高标准市场接受，导致出现经济损失。
农药由于施用方法、配比合理性等因素，会导致大部分农药物质没有被植物体吸收，而是进入土壤中，造成土壤污染，从而影响其它作物的生长和质量安全。
最后，如果农药的药效不佳，甚至出现药害后，也会导致农产品质量的下降和减产，造成严重的经济损失和安全隐患。
目前，我国在农产品质量安全管理方面存在较多问题，主要体现在：
（一）风险环节众多
农资质量安全涉及环节众多，有农资经销商、供货商、生产厂家，有农户、合作社、基地，还有各级监管部门，任何一个环节的工作出现疏漏，都会对农资质量安全造成不利影响。
（二）点多面广、参差不齐
农资经营类别广泛、准入门槛低，经营单位分散，而且数量庞大，从业人员的数量众多，规范经营的意识淡薄，管理水平参差不齐，无照经营、违规经营的现象突出。
（三）经营者和监管者之间存在突出矛盾
长期以来监管者和经营者之间存在着一个突出的矛盾：监管者总是在发生了一系列农资质量安全事件后，采取一轮又一轮的专项整治行动，想通过这些整治行动达到解决问题的目的，而经营者总是会在一轮又一轮专项整治中寻找到应对的办法，确保在整治期间不被监管者处罚，所谓上有政策，下有对策。整治活动不会天天搞，整治活动结束后，又会回到原来的状态。
（四）政企缺乏沟通平台
监管部门和经营者之间缺乏有效的互动交流平台，监管部门难以对经营者进行有效的宣传引导，难以对经营者的信息数据等进行有效的统计汇总，无法为科学决策提供准确的数据依据。
