二者的主要区别如下：
第一、 石龙芮和水芹菜是不同种类的植物：其中石龙芮是毛茛科毛茛属植物；而水芹菜是伞形科水芹属植物。
第二、 石龙芮和水芹菜的外观不一样：其中石龙芮一年生草本植物。须根簇生。茎直立，高可达50厘米，基生叶多数；叶片肾状圆形，茎生叶多数，聚伞花序有多数花；花小，萼片椭圆形，花瓣倒卵形，花药卵形，聚合果长圆形，瘦果近百枚极多数；而水芹菜属多年生草本植物，茎直立或基部匍匐。基生叶有柄，基部有叶鞘；叶片轮廓三角形。复伞形花序顶生；无总苞；伞辐不等长，直立和展开；萼齿线状披针形，花瓣白色，倒卵形，有一长而内折的小舌片；花柱基圆锥形，直立或两侧分开。果实近于四角状椭圆形或筒状长圆形，侧棱较背棱和中棱隆起，木栓质。
第三、 石龙芮和水芹菜的生长环境不一样：其中石龙芮生于平原湿地或河沟边；而水芹菜则喜湿润、肥沃土壤。耐涝及耐寒性强。
