紫外线杀菌灯对鱼有害。紫外线杀菌灯在使用时，会使空气中的氧气生成臭氧，这会使人产生头晕、恶心的不良反应。在给鱼缸进行相关操作时，最好先把杀菌灯电源关掉或是戴好口罩帽子，将皮肤保护好，带上墨镜或眼镜保护眼睛等。
杀菌灯对硝化细菌有影响，如果硝化细菌通过正在工作的杀菌灯会被杀死。但是硝化细菌通常都依附在滤材底沙等固定位置上，水中游离态的硝化细菌很少，这些损失的硝化细菌对系统影响不大。
由于杀菌灯发出的紫外线对人体和鱼伤害很大，所以其工作的环境必须是密封的环境，虽然我们想要杀掉的细菌、孢子等等在滤材、底沙上有很多，但我们无法让杀菌灯去照射底沙、滤材（这样泄漏的紫外线也会伤害鱼和我们自己）。另一方面滤材和底沙上有大量有益菌，我们也不想杀死它们。这就使得杀菌灯只能对流过其密闭环境的水流起作用。这时就需要水流流过杀菌灯越慢效果越好，很多名牌杀菌灯为水流设计了螺旋形的过道，和低瓦数的动力泵。
水族箱使用紫外线杀菌灯的注意事项
1、定时开关
一般来说，杀菌灯建议一天来1.5-3小时即可。最好配合自动开关，控制使用时长。有些鱼友认为杀菌灯既然使杀菌的，那我天天开，水质一定就会好起来。其实不然，杀菌灯杀菌是不会区别对待的，不管是有益菌还是有害菌，只要在它的能力范围内，无一幸免。但我们鱼缸养水，实际上养的就是一些细菌，使他们达到一个平衡点。所以杀菌灯是不能长时间一直开的，会把鱼缸里一些有害菌也消灭掉。其次杀菌灯一直开也会减少它的使用寿命，浪费电源。所以，杀菌灯需要定时开关才是正确的。
2、放置合适的位置
杀菌灯摆放在合适的位置，既不能直射到生化滤材和鱼儿，有得经过水流，起到杀菌的作用。如果鱼缸是上滤的话，可以放在周转箱的第一层。如果是上滤盒的话建议放在底座的走水空间内。如果鱼缸使底滤的话，可以放在溢流挡板内部，溢流挡板可以遮挡住杀菌灯的光，避免照射到其他地方。还可以放在水泵的旁边，都比较合适。要注意的是，杀菌灯处所经过的水流不能太快。如果水流和光照的时间接触过短，不利于杀菌灯的发挥其应有的作用。放在水流较慢的区域，能够提高杀菌灯的工作效率。
3、选择合适的功率
不同功率的杀菌灯对应着不同大小的水体，要是杀菌灯功率过小水体过大。那么杀菌效果就会不理想。如果杀菌灯过大水体过小那么就会造成浪费。一般市面上的杀菌灯都会标有瓦数和相对应的水体。买的时候选择相对应的即可。
紫外线消毒，效果显著，而且价廉。不过不能带畜禽消毒，紫外线在杀菌的同时也会杀伤正常的细胞，尤其眼结膜细胞，无菌室就是按装的紫外线消毒灯，如果在开灯工作时会伤害眼睛，有时前额皮肤会脱落，有痛感。这种现象是紫外线杀死了皮肤细胞，皮肤又新陈代谢的结果。可以在出栏后或是将家畜牵出舍外时，进行消毒。注意，光是直射的，照不到的位置是没有效果的，而且也有距离要求。
由于紫外线能够穿透细胞使其死亡，因此用紫外线消毒时要注意不能直接照射到人的皮肤，尤其是人的眼睛，紫外线杀菌灯点亮时不要直视灯管，由于短波紫外线不透过普通玻璃，戴眼镜可避免眼睛受伤害。如果不小心眼受伤，一般情况也无关大碍，就象被太阳光灼伤一样，严重的可滴眼药水或人乳，帮助复原。在有人的场合，不要使用有臭氧灯管，臭氧浓度高时能使人中毒。
