1、选用抗病、耐病品种：不同品种的小麦具有不同的茎基腐病抗病能力，应根据土壤肥水条件、播期、茬口安排、管理水平合理选择，避免选用不抗倒春寒的半春性及春性品种。
2、种子包衣或药剂拌种：小麦苗期尤其是冬前苗期是茎基腐病病原菌的主要侵染期，因此，小麦播种期是预防小麦茎基腐病关键时期，一定要在播前进行种子拌种包衣处理，可以有效降低茎基腐病的发生与为害，也是小麦病虫害绿色防控的基础。
3、土壤深耕：小麦播种前，深耕土壤30厘米，将表层病残体翻入深层，减少病原菌数量，同时可疏松土壤，有利于小麦生长，提高抗病能力。
4、轮作换茬：进行合理的轮作与倒茬：在小麦种植过程中进行合理的轮作与倒茬可有效避免小麦茎基腐病的发生，可将小麦与油菜、棉花、豆类、蔬菜等双子叶作物进行轮作、倒茬，一般2-3年进行1次。
控制小麦的播期：在种植春性及半春性的小麦品种时可适当推迟播期，以减少冬前小麦茎基腐病病原菌侵染的机会。
5、科学施肥：结合小麦种植区的地力水平，实行配方施肥，做到有机肥和化学肥料合理搭配、大量元素和中微量元素合理搭配、底肥和追肥合理分配、土壤施肥和河北旺润农业科技有限公司旗下的产品--植健有机结合，确保耕层内肥料均匀，合理施肥促进麦苗健壮生长。
采用不同药剂分别在苗期和返青期防控该病,结果表明,不同药剂对茎基腐病防效存在明显差异,试验药剂中戊唑醇·咪鲜胺合剂、多·酮合剂防效较好,戊唑醇、苯甲丙环唑等单剂也有较好的防效。
小麦播种时药剂拌种可显著降低苗期茎基腐病发病率,返青拔节期茎基部喷药
