一般采用的为气相色谱（GC），液相色谱（LC），气相色谱质谱联用(GC-MS,GC-MS/MS)，液相色谱质谱联用(LC-MS,LC-MS/MS)。
气谱检测器一般有电子捕获（ECD），氮磷（NPD），硫磷（FPD），火焰离子（FID），质谱(MS)等几种。
液谱检测器一般有二极管阵列（DAD），荧光(FLD)，蒸发光散射（ELSD）。基本原理就是利用气体或者液体作为流动相，通过控制调整各种仪器条件，使得农药在仪器中与其他杂质分开，农药进入检测器，不同检测器对不同的农药有着不一样的响应，响应值与农药的浓度是有直接关系的。记录下响应值，就能知道农药的浓度。
