植物源农药应用的关键是药效，一般说来，纯植物源农药类似中药，对比起化学农药来，见效慢，持效期短，但由于原料全部来自自然，不能够使用化学合成，原料及原料的采集，运输，加工和调配的成本都远高于化学药剂，造成纯植物源农药成本高，效果往往还不如化学药剂，在对于农作物的安全考虑还不是农户的首要考虑因素的前提下，植物源农药的使用和推广受到很大的限制。
由于国家对于农药采取严格的登记和生产许可证制度，而植物源农药的原料成分和药效机理还远远不能够被完全解释，也严重限制了植物源农药的创新和应用。形成市场上的植物源农药严重重复，仅限于少数几种已知成分。
过去二十年间，在国家的扶持下，植物源农药的原料种植在一些地区开始成规模地发展，产地原料粗加工业也发展起来，形成了初级加工原料的产业市场，原药和制剂厂家可以在市场上直接采购加工原料，混配后生产自己的产品，大大降低了植物源农药生产的设备投资和复杂程度，也带动了植物源农药的成本下降，但还远远不能够同化学药剂的低成本相比。
由于日益严重的农药残留和过度使用化学农药对于作物，土地，水源造成的有害影响，植物源农药势必成为解决方案之一，尤其是处于对于食品安全的考虑，从国家到农业企业也都逐渐认识到遏制化学农药和农肥使用数量的必要性。
近几年随着国内农资市场向外开放，一些欧美企业将成熟的植物源农药带进中国市场，既有杀虫剂也有杀菌剂，实验效果体现了强大的优势，在一些特定的地区和作物已经超过了化学农药，随着市场范围的扩大，成本和价格也逐渐接近高端化学农药的水平，体现了强大的生命力，欧美企业的研发能力和欧美市场对于价格的承受能力也远远超过中国；但对于欧美企业的最大挑战是产品登记，目前已知的植物源农药登记还没有国外企业的登记，相信二三年后会有大量的国外企业获得植物源农药的登记甚至生产许可，届时将对国内的植物源农药产业形成致命的打击。但结果会是国内的植物源农药逐利快速发展，化学农药/农肥使用逐渐减少，食品安全得到保障，对于国内外植物源农药/肥厂商来说，这是个上万亿的潜在市场。
江苏省农科院植保所引进完整的NPV和GV增效株系及VEF增效基因重组表达体系，为中国开发该项最新技术奠定了坚实的基础，已开发出针对水稻螟虫（二化螟、三化螟）的NPV-GV增强型高效生物杀虫剂，对二化螟的杀虫效果均达90%以上。苏云金芽孢杆菌（Bt）——微生物杀虫剂，在20多个省市用于防治粮、棉、果蔬、林业等作物上的20多种害虫，使用面积达5千万亩次。随着绿色食品的深入人心，Bt制剂在国内外农药市场上收到普遍欢迎。江苏里下河地区农科所自70年代专业从事苏云金杆菌（Bt）、球形芽孢杆菌（Bs）等微生物农药的研究与生产，是国内最早的生物农药研究机构之一[3]。“九五”期间在研究筛选对夜蛾类等害虫广谱高杀虫活性Bt菌种的基础上，成功地运用Bt与国产氟铃脲（昆虫生长调节剂）两种生物农药增效复配的方式，既克服了Bt制剂的不足，也解决了氟铃脲单独应用成本较高和易产生药害等问题，对一些夜蛾类害虫，在初孵及1-3龄的龄期结构情况下，防效已达到80%左右，药效期7-10天，大大超过了Bt制剂单用的水平；深入开展了微生物高效毒株的筛选和生物增效因子的研究，筛选出高毒力Bt菌株Yz-2、和两株对Bt、SeNPV具有显著增效作用的病毒（PuGV-Ps和AsNPV）；率先在省内开展Bt复配制剂的研究，筛选了Bt+阿维菌素等多个增效组合，示范推广效果显著。通过增进毒株毒力、病毒增效因子修饰、复配增效等多重有效手段克服制约微生物杀虫剂应用的瓶颈，提高 Bt、病毒制剂毒力、扩大杀虫谱、增强环境稳定性，为其大规模运用于生产实践，开辟了新的途径。
