日本南瓜整枝的方式有单蔓和多蔓两种方式，一般早熟品种，由于其生长期较短，为集中养分供应给南瓜膨大及持续结瓜，采取单蔓整枝的方式，其方法是只留主蔓，其它的结瓜侧枝全部去掉，每蔓留2-3个瓜，在最后1个前留5-6片叶。
多蔓整枝适合于中晚熟品种，一般在主蔓长有5-6片叶时，及时摘除生长点，促进侧蔓生长，最后留下2-4个健壮的侧蔓，每蔓留瓜1-2个，瓜前5-6叶大定摘心。
给南瓜摘心是为了促使它侧枝的萌芽，使其之后能结出更多的果实出来，一般在南瓜的藤蔓长2-3厘米的时候就可以进行了，只需要将其藤蔓顶端的生长点剪除掉即可，同时还可以把多余的分枝和赘芽除去。
