亚甲基蓝具有氧化性和还原性，有解毒、杀菌等作用，常被用于治疗某些鱼病或者作为消毒剂使用。其原理是亚甲基蓝在水溶液中形成的离子型化合物，可以与微生物酶系统竞争氢离子，使酶失活，进而导致微生物丧失生存能力。
在20世纪90年代以来，亚甲基蓝代替孔雀石绿、结晶紫等被广泛用于水产养殖中进行防治水霉病、赛霉病和小瓜虫等鱼类疾病，也用于活鱼运输、环境消毒等。然而，需要注意的是，亚甲基蓝对甲壳类与软体动物无害，但对植物毒性强，因此在水草缸中禁止使用；亚甲基蓝对硝化细菌具有杀伤力，使用时需要把过滤器关掉或是把生物滤材移出；此外，亚甲基蓝照光会被分解，导致药性下降，因此使用其作为治疗药剂时需避光。
工业用的亚甲基蓝可以用于水族，但需要注意使用量和用法。
亚甲基蓝是一种深蓝色粉末或闪光红棕色粉末，是强酸性染色剂，可用于纺织品染色。因其具有杀菌、杀虫、防治鱼类得水霉病、白点病、口虫病和红嘴病等功效，所以也常被用于水族养殖中。
然而，请注意，亚甲基蓝是药物不是营养剂，因此，在添加到水族箱之前，最好先咨询专业人士以确保正确的剂量和使用方法。
