（1）农业措施。
①选择子粒饱满、发芽率高、发芽势强、成熟度好的棉子作种子，用硫酸脱绒消灭棉种表面病菌，晒种30～60小时，提高种子发芽率和发芽势，增强棉苗抗病力。②合理轮作。发病重的田块应与禾本科作物轮作2～3年以上。③加强田间管理。精细整地，增施腐熟的有机肥或“5406”菌肥。提高播种质量，春播棉以5厘米地温稳定通过15℃时播种为宜，一般覆土4～5厘米为宜。棉苗出土70%左右时进行中耕松土，适当早间苗，降低土壤湿度，提高地温，培育壮苗。及时定苗，将病苗、死苗集中销毁。
（2）化学防治。
①药剂拌种或包衣。可用50%多菌灵可湿性粉剂按种子质量的0.5%～0.8%或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂按种子质量的0.6%进行种子包衣。或用甲霜灵纯药20克拌100千克棉种。②苗期如遇连阴雨天气，田间出现病株时，用50%多菌灵可湿性粉剂或65%代森锰锌可湿性粉剂或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂800～1000倍液，对准根茎部喷雾保护，每周喷1次，连喷2～3次。
此时需要认真注意的是查治棉蚜，避免其危害生长点。防治棉蚜有效的药很多，建议使用阿维菌素、吡虫啉、菊酯类农药，效果都不错。
啶虫咪属于抑制生长类药剂，在害虫突发是不适宜使用。
另外，还要密切注意小地老虎的危害，田间短时间内、在没有其它因素的干扰下。突然发现大量齐根断苗，很可能就是小地老虎在作祟。小地老虎属于间歇发生类害虫，发生轻重与迁入虫源和棉田周边杂草盖度有关。防治小地老虎的基本要点：清理田间四边杂草，重点清理双子叶杂草，减少其落卵机会、返现少数断苗，人工挖开断苗及邻近的健株棉苗的根部土壤，捕捉杀死；若出现大量断苗，就要采用棉苗根际施毒土和诱杀幼虫的方法除治，具体方法书（网上）上可查
