1.EM菌的使用需要配合上滤设备，在滤材盒里面需要添加必要的滤材，以配合EM菌中有益菌种的生长。
2.细菌屋是必须的，选用的细菌屋一般是陶管，体积小并且要多孔，主要是在滤材盒最底部铺上一层，并在鱼缸底部适当放上一些(未必需要铺一层)在滤材盒中，陶管的上面需要铺上一层过滤材料
3. 这些都准备好后，就可以开缸，先将鱼缸放满水，然后让其静置两天，主要是除去水中氯气。
注意，EM菌并不是直接倒入鱼缸，而是将EM菌液加少量水后，均匀的撒入滤材盒里面，并且打开上滤，让鱼缸的水通过上滤流动起来。
这一过程是为了让EM菌先在滤材盒中扎根繁殖。当EM菌和上滤设备开始工作24小时以后，便能放入需要养的鱼，并且正常喂食了。
|||用30度的水将em菌溶解稀释之后，放置两个小时，以激活苏醒em菌，然后在光照充足的白天，泼洒入水里。
