治疗蛋鸡滴虫病在每公斤饲料中拌入甲硝唑0.88克，连续饲喂5~6天，10天后鸡可痊愈。治疗蛋鸡腹膜炎应用阿莫西林加甲硝唑联合治疗，即在鸡饮水时，按每100公斤纯水加入10克阿莫西林，同时在每公斤饲料中加入甲硝哇0.8克，连续使用4~5天。用药后第四天产蛋率回升，不再出现卧地不起、拉蛋黄样粪便的鸡，用至第五天产蛋率达到80%，再巩固用药3天，鸡完全恢复产蛋。治疗蛋鸡弧菌性肝炎在每公斤饲料中拌入甲硝唑0.8克，连续饲喂7天，停2~3天，再喂7天，治疗效果良好。
甲硝唑主要用于治疗肠道和肠外阿米巴病（如阿米巴肝脓肿、胸膜阿米巴病等）。还可用于治疗阴道滴虫病、小袋虫病和皮肤利什曼病、麦地那龙线虫感染等，：目前还广泛用于厌氧菌感染的治疗。（厌氧菌：就是所谓不需要氧气就能成活的菌群．）：
副作用：15-30%病例出现不良反应，以消化道反应最为常见，包括恶心、呕吐、食欲不振、腹部绞痛，一般不影响治疗；神经系统症状有头痛、眩晕，偶有感觉异常、肢体麻木、共济失调、多发性神经炎等，大剂量可致抽搐。少数病例发生荨麻疹、潮红、瘙痒、膀胱炎、排尿困难、口中金属味及白细胞减少等，均属可逆性，停药后自行恢复．
