果干因事先脱水干燥，已降低水果中微生物的活性与数量了，因此较不容易氧化、发霉。一般来说，果干保存期“冷冻”的话，保存期是最长的，冷藏次之，室温保存则最短。
冷冻果干退冰后，口感就会变差，甚至软化果干，且有些微湿，因此建议不要冷冻，比较可采的是室温存放或者冷藏，室温约3个月，冷藏可以6个月以上。
保存果干的条件，最好尽量选择温度低于30摄氏度；湿度低于60%的环境内。一般家庭中建议果干放在密封的容器里，既干净又卫生，也方便取出。远离阳光直射处，可防虫、防发霉、也避免果干吸收湿气而变质。
果干是非常美味可口的食物，一般来说保质期是在半年到一年之间，还是比较长的。
果干不同于新鲜的水果，新鲜的水果由于水分充足，长期存放很容易变质发霉，但是果干由于经过了糖渍和烘干的过程，水分基本上已经没有了，让保质期可以更长久。
