目前的大多做法也是将小水电退出的补偿限定在实际投入损失范围内，具体补偿金额的确定则是以水电站的资产评估结果作为参考。只有少数地区在制定补偿方案时会对相对人的预期利益加以考量，如福建厦门翔安区提出要根据各电站装机容量、发电量、利润以及电站拦水坝、引水渠道、压力钢管、机电设备、发电厂房、管理房、电力线路等水工部分及机电设备成新率等因素综合确定补偿方案；福建省泉州市永春县委托资产评估公司对拟退出的水电站采用收益法进行评估，并按照水电站装机容量、建设年限、发电量以及水电站渠道长度、灌溉面积、河流脱水情况等因素综合确定补偿方案。
小水电退出的补偿标准应该是水电站资产评估价值加上小水电未来经营期限内的预期利益之和。将行政相对人合法预期利益排除在补偿范围之外的规定与公民获取行政许可的目的不符，违背了我国全面推进依法行政、建设诚信政府的基本要求。
