巢湖与长江相连，通过裕溪河，原名濡须河注入长江之中。
属长江水系，集水面积9 258.0平方公里，补给系数12。湖水依赖地表径流和湖面降水补给，主要入湖河流有杭埠河、白石天河、丰乐河、上派河、南淝河、店埠河、柘皋河、北河等。多年平均年入湖径流量36.51亿立方米，其中杭埠河19.35亿立方米，丰乐河7.28亿立方米，上派河1.88亿立方米，湖面降水量7.66亿立方米，蓄水变量0.42亿立方米，合计年入湖水量44.59亿立方米；出流裕溪河，原名濡须河，是古今巢湖下泄入江的唯一通道，经截湾取直后，长60.0公里，自东关至海子口分为两支，东支系老河、又名后河，西支为新河，又名前河，相传在汉候景时为缩短航程而开挖。湖区建有巢湖、兆河和裕溪三闸。
