科学施肥应遵循以下三项原则：
有机与无机相结合。科学施肥必须以有机肥料为基础。增施有机肥料可以增加土壤有机质含量，改善土壤理化生物性状，提高土壤保水保肥能力，增强土壤微生物活性，促进化肥利用率的提高。因此，必须坚持多种形式的有机肥料投入，才能够培肥地力，实现农业可持续发展。
大量、中量、微量元素配合。各种营养元素的配合是科学施肥的重要内容，随着产量的不断提高，在高度集约化经营情况下，必须进一步强调氮、磷、钾肥的相互配合，并补充必要的中、微量元素，才能获得高产稳产。
用地与养地相结合，投入与产出相平衡。要使作物-土壤-肥料形成物质和能量的良性循环，必须坚持用养结合，投入产出相平衡。破坏或消耗了土壤肥力，就意味着降低了农业再生产能力。
科学施肥的积极意义：能促进和改善土壤-植物-动物系统中营养元素的平衡、交换与循环；提高土壤肥力，即提高单位面积土地的农、牧产品的数量与质量；使土壤这一非再生资源得到永续使用，以满足人口不断增长所需要的各种产品；使作物生长茂盛，提高地面覆盖率，减缓或防止土壤侵蚀，维护了地表水域水体的洁净，不受污染；改善农副产品的品质，保护人体健康。
