大蒜素对水产养殖的作用是可以通过致病菌的细胞膜进入细胞质，破坏致病菌的正常代谢，从而有效抑制和杀死多种致病微生物。
大蒜素和漂白粉、优氯净、强氯净、二氧化氯、聚维酮碘等搭配效果更佳。对鱼类的主要致病菌具有良好的抑制和杀灭作用，可有效防治肠炎、鳃腐病、红皮病和出血性疾病等鱼类常见病，保证鱼类的顺利生长，提高鱼类的成活率，可以抑制和杀死多种病原微生物，减少这些病原微生物对营养物质的利用和破坏，调节鱼类体内各种酶的分泌，有效促进营养物质的消化和吸收。
大蒜素和药物搭配能有效提高饲料利用率，降低饲料系数，大蒜素有一种特别强烈的大蒜气味，可以刺激大多数鱼类的气味，吸引鱼类进食，避免和减少饲料浪费，可以替代其他高价和进口的水生引诱剂，可以提高饲料报酬和生产性能，防止饲料霉变，它可以降低鱼类的胆固醇，改善水生动物的肉质。
