第一，收集原料。不同的原料制作出酵素的营养成分也不一样，一般我们就地取材。大棚里常有疏掉的果实，或者烂果，都可以作为酵素的原材料。像我们制作酵素所用的烂西瓜、番茄畸形果，这些都可以使用，大棚里有什么就用什么，对原料的选择没有限制，还能解决废物不好处理的问题。
第二，发酵。将三份原料放入塑料桶中，加上一份的红糖、十份的水和发酵剂，然后盖上盖子。制作酵素时，红糖中含有营养物质，白糖不能代替红糖。EM菌发酵剂的效果好，充分腐熟。发酵桶最好用塑料桶，因为发酵的过程中会产生气体，不建议用玻璃桶。
第三，发酵完成。开始发酵的第一个月，要经常进行搅拌。一方面，能把气体排出去，另一方面，原料能充分混合，有利于充分腐熟。发酵完成基本上要三个月的时间，低温时期发酵过程慢，但也不能暴晒。没有臭味，液体呈棕色，这是发酵完成的标志。
