河里出现绿藻主要是水中的溶解氧浓度下降厌氧的微生物繁殖所引起，最大的危害就是水中溶解氧下降导致水质下降，鱼类可能死亡，一般水生植物也能进行光合作用，但是由于绿藻大量繁殖，覆盖了水面，影响水下植物的生长，所以无法完全发生光合作用。绿藻多见於淡水，常附著於沉水的岩石和木头，或漂浮在死水表面；也有生活於土壤或海水中的种类，浮游种类是水生动物的食物或氧的来源。 绿藻的叶绿体被两层细胞膜包围着，所以有猜测说它们可能是直接由蓝菌的内共生而得来的。部份蓝菌有类似的色素沉着，但这似乎出现不只一次，而绿藻的叶绿体也不再被认为和此类型的关系相近。相对地，绿藻可能和红藻有着相同的祖先。 绿藻门的经济价值很高。绿藻在植物进化的研究中也很重要；据认为单细胞的衣藻与陆地植物的祖先相似，贮藏的营养物质主要为淀粉和油类。绿藻中如石莼、礁膜、浒苔等历来是沿海人民广为采捞的食用海藻。海产扁藻、小球藻等单细胞绿藻繁生快，产量高，含有一定量的蛋白质、糖类、氨基酸和多种维生素，可作食品、饲料或提取蛋白质、脂肪、叶绿素和核黄素等多种产品。有的绿藻可作为药用，如小球藻、孔石莼等。此外，利作藻菌共生系统和活性藻的方法来处理生活污水和工业污水。
