1、农业防治：清除病叶残体，在大葱生长期，发现有被幼虫蛀食的叶子时，应该立即带出田外深埋。收获后，清理残株落，用于沤肥或烧毁，可减少虫源，并深翻土壤，冬季要尽量冻死越冬蛹；
2、物理防治：①对育苗基质实施蒸汽高温消毒，可杀死基质中的斑潜蝇蛹，并可兼治土传病害和地下害虫；②斑潜蝇成虫盛发期采用黄板诱杀，可起到较好的防治效果；
3、化学防治：防治适期为成虫羽化始盛开始防治，每间隔5～7天防治1次，共防治2～3次，用药的最佳时期为晴天早上露水干后至午后2时前的成虫活动盛期，并针对植株中下部用药。药剂可使用生物农药或允许使用的低毒农药。建议使用75%的潜克农药，稀释3000倍液，喷雾；也可用0.9％阿维菌素1500倍液防治。
