使用生物农药的主要优点：一是对人畜安全。绝大多数生物农药毒性低或毒性小，不易毒害用户；第二，更有利于农产品的质量和安全。生物农药易分解，不易污染农产品，保证农产品持量安全。第三，污染小，不会破坏生态平衡。大多数生物农药具有很强的选择性，只对害虫有效防治，不伤害蜜蜂、鸟类、鱼类和青蛙，易于分解，使用后回归自然；第四，不易产生耐药性。
生物农药使用的主要缺点：一是专一性强，一般只对害虫作用，对其他害虫无影响；二是温湿度要求高，微生物源农药适宜温度15-30℃，超过此范围，害虫生殖速度慢，湿度高，农田环境湿度越大，效果越明显；三是对紫外线敏感，紫外线对微生物源农药有致命的杀伤作用。
