话说大禹(公元前22世纪)治水十三年过家门而不人，他用疏导之法，使三江通流入海，太湖水位下降，水患得以平息，为种植冬小麦创造了条件，深得苏州人的爱戴。直到今天，太湖流域还流传着许多关于大禹治水的故事。相传苏州有位年青的后生，见清明节人们祭大禹都做精美的供品，认为这样不配大禹生前节约的品格，认为大禹在九泉之下一定不安心。清明节时正是冬小麦返青的时候，他与大家商量用麦叶汁水和糯米粉做成了青团子，将青团子供在大禹治水墓碑前，以士不忘大禹治水之恩。久而久之，相沿成习俗。
清明团子的由来二
宋高宗赵构兵败流落余杭，以糯米杂以蓬青为团食之，金人疑为疯人食马粪而脱身，此中乃含"聪明"之意.又说"古人寒食，采桐杨叶，染饭青色以祭，资阳气也...."其中真正来历尚不得而知。
清明团子的由来三
传说有一年清明节，太平天国李秀成得力大将陈太平被清兵追捕，附近耕田的一位农民上前帮忙，将陈太平化装成农民模样，与自己一起耕地。没有抓到陈太平，清兵并未善罢甘休，于是在村里添兵设岗，每一个出村人都要接受检查，防止他们给陈太平带吃的东西。
回家后，那位农民在思索带什么东西给陈太平吃时，一脚踩在一丛艾草上，滑了一跤，爬起来时只见手上、膝盖上都染上了绿莹莹的颜色。他顿时计上心头，连忙采了些艾草回家洗净煮烂挤汁，揉进糯米粉内，做成一只只米团子。然后把青溜溜的团子放在青草里，混过村口的哨兵。陈太平吃了青团，觉得又香又糯且不粘牙。天黑后，他绕过清兵哨卡安全返回大本营。后来，李秀成下令太平军都要学会做青团以御敌自保。吃青团的习俗就此流传开来。
