（1）注意苗床浇水
必须在苗床底部薄膜上灌溉，让水从营养钵底部的排水孔进入营养钵，滋润营养基质，预防土壤板结、缺氧及秧苗沾染水滴感染病害。
（2）秧苗徒长
尤其在两片子叶平展到真叶破心期间，是最容易徒长的时期，此期一定要严格控温控水。
（3）苗期病害
温度不能过高，土壤湿度和空气湿度不能过大，否则，猝倒病、立枯病极易发生。防治措施：青枯立克200-300倍+地力旺300倍喷雾，杀菌防病，培养有益菌，减少有害菌，营养壮苗。在病害高发期可用青枯立克+大蒜油喷雾。
（4）虫害
苗床内蛴螬、蝼蛄等地下害虫大量发生时，造成危害，引起死苗。可根据当地农药经销商建议用药。
遮阴防高温，及时补水。
番茄育苗前期，温度较高，苗盘中育苗基质容易脱水干燥，继而引起苗子缺水老化。
中午适度遮阴，（早晚要见光。）既可降低基质失水又可降低病毒病发生概率。在实际生产中缺水毁苗现象经常发生。如何育好健壮番茄苗，补水是关键。番茄基质苗补水要在早晚温度较低时进行，补水要及时，要一次浇透。育苗基质表层遇水易湿润，向深处渗透慢，育苗户往往看到表层水溢满了，却并不知道基质里面还是干旱缺水的。补水时可以连续多次喷淋浇灌，直至渗透底层。
