肃南裕固族自治县地处河西走廊中部，祁连山北麓，位于北纬37°28′—39°04′，东经97°20′—102°13′，东临天祝藏族自治县，西接肃北蒙古族自治县，北部自东向西与凉州区、肃州区、嘉峪关市、玉门市等市县区毗邻，南部与青海省的门源回族自治县等县相连，东西长650多公里，南北宽约120-200公里，总面积为20176.7平方公里。县域地形狭长，地貌形态多样，地势起伏大，主要为中高山地、峡谷、洪积走廊平原，形成了南部山地和北部走廊平原两大地貌单元，海拔1327-5564米，平均海拔3200米，祁连山主峰素珠链及著名的“七一”冰川即在境内。
