水的处理：工厂化养鱼的“水”是关键。在水源充沛的地区，允许采用开放式流水养鱼，其水源进入鱼池排出后不再回收，水耗量较大。而在缺水的地区，则多用循环过滤式养鱼，水池中排出的污水通过净化处理，再作为水源进入鱼池，这样水的处理尤为关键。
2、全营养的配合饲料：工厂化水产养殖饲料营养要全面，要考虑循环使用水体中微量元素的缺乏因素。要用高效颗粒饲料，饵料系数一般应在1～1.2左右，减少鱼类排泄带来的水处理问题。要使用生产两个月以内的新鲜饲料，尽量减少饲料变质带来的营养疾病，任何变质饲料绝对不能用于工厂化养殖生产。
