玉米苗期的主要病害是腐霉菌、串珠镰刀菌引起的猝倒病、苗枯病和根腐病等。防治猝倒病，可用10%适乐时水剂或5%根宝50～100毫升拌玉米种子50千克；当发现幼苗萎蔫或凋萎病株时，可用72.2%的普力克水剂500～800倍液、58%雷多米尔锰锌可湿性粉剂500倍液或72%克露可湿性粉剂600倍液喷雾。防治苗枯病，可用50%辛硫磷100克加水2～2.5千克拌50千克玉米，堆放4～6小时，稍晾干拌入100克50%多菌灵播种；
也可用10%蚜虱净加4.5%高效氯氰菊酯加70%甲基托布津800倍防治。防治病毒病，在发病初期用20%病毒克星500倍液和绿叶宝400～500倍液混合喷雾有一定效果，同时用50%辟蚜雾可湿性粉剂2500倍液喷雾防治蚜虫和灰飞虱等传毒害虫。
此外，防治大斑病，用40%克瘟散或70%代森锰锌可湿性粉剂600倍液喷雾。防治小斑病，用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液或70%甲基托布津可湿性粉剂500倍液喷雾。在玉米4～5叶期叶面喷雾硫酸锌，可防治缺锌症，增强植株抗病能力。
