最有效的消灭方法包括：
1. 果实套袋。在果实幼果期果实未被果蝇产卵前及时进行套袋，可有效防止成虫产卵而造成危害。
2. 及时疏花疏果。在火龙果进入开花结果期后果农们应及时对火龙果进行疏花疏果，应将瘦小弱小的花朵或者发育不良的幼果进行摘除，最好是一根枝条留下一个果实，这样既能减少养分的不必要消耗又能有效减少果蝇的食料来源。
3. 诱杀。果蝇对糖、醋有一定的趋性，可以用砂糖2份，黄酒、醋或甜橙各1份，加7份水，加入少许敌百虫晶体，混合放于器皿中，在植株行间每隔15米挂1只，高度大约为1.2-1.5米，可以隔半个月换诱杀液1次，以诱杀成虫。
4. 毒杀。出现有针孔的落地果时，对地面喷药，可用48%将军王毒死蜱乳油800倍液，喷透表土，以毒杀化蛹前的幼虫。
5. 药剂防治。火龙果进入幼果期后，可以使用持效期较好的药剂如23%功夫微囊悬浮剂或者灭蝇胺、噻虫胺、呋虫胺等药剂进行轮换喷雾防治。
以上方法可以有效地消灭火龙果果实蝇。如果在成虫有一定量进入园时，可以用阿克泰+嘉美红利1000倍液淋根灌根或滴灌，同时用甲维盐、烯啶虫胺或噻虫嗪+联苯菊酯+嘉美金点1000倍液等药剂，在傍晚对茎叶喷雾，以杀灭入侵的成虫。
