一是微生物和寄生虫卵污染，如肠道致病菌及酵母菌、霉菌、乳酸菌、醋酸菌等。引起新鲜果蔬变质的微生物一部分是其本身的病原微生物，还有采收后运输储藏过程中侵入的腐生微生物，一方面可造成腐败变质，另一方面引起人体肠道疾病。二是农药污染，为化学性污染最严重的方面，有检测表明蔬菜水果上课检出敌百虫、敌敌畏、甲胺磷、乐果、对硫磷五种农药，都是滥用和不合理使用农药所致。三是工业废水污染，工业废水往往含有毒化学物质如酚、氰化物、重金属、有机农药等，直接灌溉菜地，毒物可通过蔬菜进入人体造成危害。四是亚硝酸盐，当果蔬生长时遇到干旱、收获后不合理或长期存放、土壤长期过量使用氮肥，硝酸盐及亚硝酸盐含量有所增加，尤其是贮存蔬菜及蔬菜腌制品，亚硝酸盐含量增加，对人体产生不良影响。
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