水产养殖业迅猛发展，高密度的养殖带来的不仅是品种的多样化，产量的剧增，同时在养殖过程中，饵料的排放、残饵的分解、排泄物的产生以及化学药品和抗生素的使用等使水体中营养物质、有机碎屑等严重超标，导致养殖水域环境恶化、生态系统失衡、病害滋生。水体污染不仅影响生态环境质量，而且危害养殖业本身。为了缓解这些问题，以芽孢杆菌、EM 菌、光合细菌等为代表的益生菌类制剂得以较好地推广应用，有益微藻类制剂也渐渐的进入了养殖户的视野。
1、改善水质
微藻进行光合作用，能够将光能、水和二氧化碳、无机盐等转化为体内的有机化合物，同时产生大量氧气，提高水体溶氧水平，并使水体PH升高，促进细菌的矿化，在细菌的作用下使硫化氢变为无毒的硫酸盐，因此微藻对改善水质和稳定水体都有着重要的作用。目前发现，硅藻具有高效率的净化废水的作用，螺旋藻能够除去水体中氨氮，颤藻有较强的吸收磷的作用，硅藻和鞭毛藻不但可以除去氨氮，还能促进虾体生长。
2、作为饵料生物
微藻中含有丰富的蛋白质、大量的矿物质、维生素、氨基酸、核苷酸和生物活性物质等，是维持和促进鱼类健康所不可缺少的营养物质，因此被广泛用于水产动物的饵料，是贝类、花白鲢、虾苗、蟹苗、鱼苗等最好的天然饵料，而且微藻蛋白质中的天然免疫物质和促长物质，是配合饲料无法达到和生产的。微藻做为饵料也可有效控制弧菌的生成，将小球藻添加到鱼饵料中，可提高预提抵抗力，改善肉质。养殖早期的河蟹塘施用有益微藻，可使池水嫩爽，河蟹由于容易采食，脱壳成功率大大提高。沿海贝类塘施用有益微藻，可提高虾蟹贝的产量。
3、增强养殖动物抗病能力
通过微藻进行水体的调控、改善养殖环境，可有效提高养殖对象的抗病力，因此微藻调控是水产生态调控防病的重要组成部分。一方面藻类在进行光合作用的同时不仅传递氧也传递了热能，在较高的温度下，病原体的寿命极大缩短；另一方面由于藻类在光合作用的过程中消耗了大量的二氧化碳而导致水中pH 值升高，也缩短了病原菌的寿命。使用微藻进行调控应该有一定的连续性，始终使水体中保持一定微藻种类密度，这样才能使微藻发挥其作用，达到防病促长的作用。
4、微藻产品的施用技巧
一般微藻产品建议在晴天上午使用，这样有助于微藻在水体中尽快繁殖为优势种群，对于偏瘦水体，可同时配合使用肥水肥料，这样也有助于微藻的繁殖；对于原生动物较多的水体，应先对水体进行杀虫，杀虫后三到五天再使用，这样避免原生动物对微藻的危害；使用了微藻制剂的水体在三到五天内不得使用杀虫剂消毒剂等，以免影响藻种的繁殖；菌藻联合使用，能达到事半功倍的效果，即与微生态制剂联合使用；最重要一点是微藻的使用要有连续性，要始终保持一定的密度，才能起到稳定水质、防病促长的目的。
水产养殖是人为控制下繁殖、培育和收获水生动植物的生产活动。一般包括在人工饲养管理下从苗种养成水产品的全过程。广义上也可包括水产资源增殖。
水产养殖有粗养、精养和高密度精养等方式。粗养是在中、小型天然水域中投放苗种，完全靠天然饵料养成水产品，如湖泊水库养鱼和浅海养贝等。精养是在较小水体中用投饵、施肥方法养成水产品，如池塘养鱼、网箱养鱼和围栏养殖等。高密度精养采用流水、控温、增氧和投喂优质饵料等方法，在小水体中进行高密度养殖，从而获得高产，如流水高密度养鱼、虾等。
