要种植无公害食用菌，要减小化学药品的使用，尽量采用物理的方法进行病虫害防治。
一般情况下，空房间保持干燥，食用菌进入房间出菇时，可以用漂粉精加入到水中，对地面进行拖洗干净，可以防止细菌残留在地面。对于空间，可以利用噻菌灵50克/100立方米空间进行熏蒸。熏蒸可以用烟剂，也可以用粉剂高温熏蒸。噻菌灵主要用于防治其他真菌。培养期间，如果温度过高且湿度较大，容易产生绿霉和螨虫，可以用克螨特烟剂对培养房间进行熏蒸，根据螨虫病害的程度，可以加大或减少使用频率。
不管是香菇还是平菇还是金针菇，做好日常环境卫生最重要。空房间晾干后使用会降低细菌和霉菌的残留。可以使用烟熏剂对空房间进行熏蒸。
在种植中，子实体阶段，尽量不要用药，前期控制得好的话，后期基本很少发病的。
