食品中的污染物质来源很多，大致可以分为四个方面。
第一方面，污染物质来源于食物生产所在地的大气、水源和土壤中的污染，也就是生产环境污染。生产环境污染会直接影响到食物，容易将污染物残留在食物内。例如，大气中的浮颗粒物覆盖在植物叶面上，影响植物呼吸作用和光合作用、影响植物生长和品质，同时叶片可直接吸收粉尘中的有害物，造成蔬菜污染。
第二方面，污染物来自农作物栽培中的农药和化肥，以及畜牧生产中的兽药、激素等，称为原料生产过程中的污染。污染物残留在食品中或被农作物、牲畜吸收，人们吃了含有残毒的植物、粮食和肉类会影响健康。
第三方面，污染物来自食品加工中的添加物和污染物、包装当中的有害物质等，称为加工处理中的污染。例如，食品包装纸与食品直接接触，如果不清洁，可能含有的有害物质就会造成对食品的污染，直接影响人的身体健康。
第四方面，食品在家庭中储藏、烹调等过程中产生的污染，称为家庭中的污染。这一方面的污染往往容易被我们忽视，但实际上冰箱中的细菌、餐具上残留的油污等都会对食物产生一定的污染，也需要引起注意。
这四方面的污染源都在威胁着消费者的健康，我们在挑选食物时，应该尽量挑选绿色食品，并在储藏、烹调等过程中注意保护食物的质量。
食物中的化学污染物来自如下：
1、食物农药、兽药、鱼药残留。
2、有害金属污染。
3、食品加工不当产生的有毒化学物质，如多环芳烃类、N亚硝基化合物等。
4、滥用食品添加剂、生长促进剂和违法使用有毒化学物质。
5、放射性核素污染。
食品的化学性污染主要来自环境污染，近年来由于工业三废治理滞后于工业发展，环境污染问题突出，加上新技术、新材料、新原料的应用致使食品的化学污染呈现出多样化和复杂化。
如违规使用呋喃丹、甲胺磷、酰胺磷、氧化乐果、敌敌畏等剧毒农药，超量使用食品添加剂和防腐剂都会使食品中有害化学物质残留。
水体污染、土壤污染、大气污染导致汞、铅、铬等重金属、有毒气体等有害化学物质沉积或固着在食品中。食品的包装物如金属包装物、塑料包装物及其它包装物都可能含有有害的化学成分污染食品，食品化学污染不容忽视。
食品污染分为分为生物性、化学性及物理性污染三类。
生物性污染是指有害的病毒、细菌、真菌以及寄生虫污染食品。属于微生物的细菌、真菌是人的肉眼看不见的。鸡蛋变臭，蔬菜烂掉，主要是细菌、真菌在起作用。
细菌有许多种类，有些细菌如变形杆菌、**杆菌、肠杆菌可以直接污染动物性食品，也能通过工具、容器、洗涤水等途径污染动物性食品，使食品腐败变质。真菌的种类很多，有5万多种。
化学性污染是由有害有毒的化学物质污染食品引起的。各种农药是造成食品化学性污染的一大来源，还有含铅、镉、铬、汞、硝基化合物等有害物质的工业废水、废气及废渣；食用色素、防腐剂、发色剂、甜味剂、固化剂、抗氧化剂食品添加剂；
作食品包装用的塑料、纸张、金属容器等。如用废报纸、旧杂志包装食品，这些纸张中含有的多氯联苯就会通过食物进入人体，从而引起病症。
物理性污染主要来源于复杂的多种非化学性的杂物，虽然有的污染物可能并不威胁消费者的健康，但是严重影响了食品应有的感官性状和/或营养价值，食品质量得不到保证。
