养殖三大证件是：动物防疫条件合格证；兴建养殖档案；养殖场、养殖小区备案登记证。
动物防疫条件合格证是单位和个人开办动物饲养场、养殖小区、动物隔离场所、动物屠宰加工场以及动物和动物产品无害化处理场的生产经营活动；经兽医管理部门审查，符合动物疫病预防、控制、扑灭等条件批准后，发给的动物防疫条件许可凭证。有注册备案的许可证号。
根据2010年1月4日农业部第一次常务会议审议通过，于2010年5月1日起施行的《动物防疫条件审查办法》规定，“动物饲养场、养殖小区、动物隔离场所、动物屠宰加工场所以及动物和动物产品无害化处理场所，应当符合本办法规定的动物防疫条件，并取得《动物防疫条件合格证》。”“经营动物和动物产品的集贸市场应当符合本办法规定的动物防疫条件。”
养殖许可证的作用主要有：
1、养殖证是养鱼生产者使用水域、滩涂从事养殖生产活动的合法权益，能够得到法律的保护，养殖证是合法的凭证。
2、养殖证是判断水域养殖使用功能的基础依据，当养殖水域因国家建设及其它项目征用或受到污染、爆破造成损失时，养殖者可凭养殖证申请补偿或进行索赔。渔业污染事故调查机构是以养殖证为受理案件的基础，养殖证登记内容是调查处理事故的重要依据。
3、水产养殖生产者要持养殖证才能够申请苗种生产审批、水生野生动物驯养繁殖证，水产品原产地证书，无公害农产品基地资格等，并享受国家税收等方面的优惠政策。
养殖证如何办理需要什么手续
法律分析：申办养殖证的水域、滩涂必须是经县级以上地方人民政府依法规划或者以其他形式确定可以用于水产养殖的水域、滩涂（池塘、河沟、湖泊等）。农田养殖不能办理养殖证。
法律依据：《水域滩涂养殖发证登记办法》第五条 使用国家所有的水域、滩涂从事养殖生产的，应当向县级以上地方人民政府渔业行政主管部门提出申请，并提交以下材料：
（一）养殖证申请表；
（二）公民个人身份证明、法人或其他组织资格证明、法定代表人或者主要负责人的身份证明；
（三）依法应当提交的其他证明材料。
1、需要办理生产设施用地的备案手续，签订用地协议在国土局和农业局备案；
2、需要配套建设污染防治设施。环评手续需到环保局办理；
3、排污许可证；
4、动物防疫条件合格证；
5、野生动物驯养繁殖许可证；
6、办理工商登记；
7、养殖户取得营业执照后，需要到畜牧局办理养殖场备案登记手续。
养殖证是国家要求海域水产养殖和内陆水域养殖户需要办理的一种证件。凡是利用海域和内陆水域从事养殖生产活动的单位和个人，必须依法取得养殖证。
养殖厂的排污许可证如何办理
1、申请人在国家排污许可信息公开系统进行许可申请前信息公开；
2、公示结束后持相关材料向环境保护行政主管部门提出许可申请；
3、符合要求的，出具申请受理通知书并在国家排污许可合法平台上进行网上申报；
4、不符合要求的，出具申请不予受理通知书，并说明理由；
5、环境保护行政主管部门对申报材料进行审查；
6、对审查合格的，经环保局相关科室会签、主管局长签批、主要领导签批后依法作出许可证核发；
7、对不符合要求的，书面通知申请人并说明理由。
法律依据
《畜禽规模养殖污染防治条例》
第九条 县级以上人民政府农牧主管部门编制畜牧业发展规划，报本级人民政府或者其授权的部门批准实施。畜牧业发展规划应当统筹考虑环境承载能力以及畜禽养殖污染防治要求，合理布局，科学确定畜禽养殖的品种、规模、总量。
第十条 县级以上人民政府环境保护主管部门会同农牧主管部门编制畜禽养殖污染防治规划，报本级人民政府或者其授权的部门批准实施。畜禽养殖污染防治规划应当与畜牧业发展规划相衔接，统筹考虑畜禽养殖生产布局，明确畜禽养殖污染防治目标、任务、重点区域，明确污染治理重点设施建设，以及废弃物综合利用等污染防治措施。
