在寒冷的冬季，使用微生物菌剂不仅可以活化在土壤中被固定的营养元素，且有利于根系的生长，但不可盲目使用，应根据不同的棚室土壤环境来确定，否则很可能就会花了钱却得不到效果。
一是土壤湿度。
土壤含水量过大或不足都会影响生物菌肥的施用效果。因为微生物菌剂内的生物菌大部分是好氧菌，它在土壤见干见湿时生命力才活跃。所以，施用微生物菌剂后一定要注意合理浇水，最好选择晴天上午浇小水，这样不仅能提高地温，还能通过放风排湿。注意浇水后最好要进行划锄，以此来增加土壤通透性，利于生物菌发挥效果。
二是土壤温度。
土壤中的益生菌一般在土壤18～25℃时生命活动最活跃，15℃以下时生命活动开始降低，10℃以下时活动能力已很微弱，甚至处于休眠状态。因此，冬季大棚蔬菜施入菌肥后，要注意调控好地温。这就需要首先控制好棚内的气温，以气温促地温回升。一般棚内气温白天应保持在25～30℃为宜，夜间棚内温度低，为避免地温散失，维持地温恒定，除了采取地膜覆盖外，可在操作行内覆盖作物秸秆。
三是土壤酸碱度。
资料表明：土壤偏酸或偏碱都不利于生物菌的生长繁殖。土壤pH值在6.5～7.5之间时最适合生物菌的繁殖，菜农可根据自己土壤的情况进行改造，让土壤pH值达到6.5～7.5，保证生物菌大量繁殖。
另外，在施用微生物菌剂后，还要注意增加土壤有机质，也就是增施有机肥。因为生物菌在土壤有机质丰富的前提下才能发挥出效果来。
菌剂的作用是靠生物菌分解土壤中的有机物来实现的，如果土壤中的有机肥施用不足，那么它是分解不出养分来的。因此，蔬菜定植前，一定要注意施足有机肥，一般每亩地施用5000公斤左右。
微生物菌肥是一种含有大量有益菌和有机质的肥料，由于这种新型肥料功能多样，无毒无污染，深受农民朋友欢迎，在农业生产上广泛使用，尤其在瓜果、蔬菜、果树、花卉等作物上使用广泛。但是微生物菌肥是一种特殊的肥料，与普通肥料在使用方法上有许多不同，只有采取正确的使用方法，才能达到事半功倍的效果。
认识微生物菌肥
微生物菌肥是根据土壤微生态学原理，植物营养学原理，以及现代“有机农业”的基本概念，而研制出来的一种含有几十种活的有益菌新型肥料。也被称为第三代肥料。它用现代生物工程即国际先进工艺生产的生物产品。是一种低碳、纯天然、无毒、无害、无污染的有机微生物菌肥，由于这种肥料含有大量的有机质和多种有益菌，具有增加土壤中的有机质，提高土壤肥力，改善土壤团粒结构，防止土壤板结，提高土壤保肥、保水，抗寒能力，同时增加土壤中有益微生物数量及活性，大量的有益菌在土壤中繁殖，形成有益菌群，可阻止病原菌入侵作物，减少植物的病虫害发生，增强作物抗病能力。促进农作物生长，提高农作物产量，改善农产品品质等多种功能。
主要作用
（1）改良土壤结构。微生物菌肥中含有多达几十种有益菌，通过有益菌的大量繁殖，能有效分解土壤中不溶于水的有机物质，促进土壤团粒结构形成，从而达到疏松土壤、保肥、保水、透气性好的效果。
（2）提高养分利用率：微生物菌肥含有大量的有机质，不仅能补充土壤中缺乏的有机质，有效调节土壤PH，通过有益菌分解为可溶于水的有机质，能与土壤中的氮，磷、钾、钙、镁、等多种养分离子结合，形成螯合态和络合态的有机物，更有利于根系的吸收，促进氮、磷、钾、钙、镁、硼等大量元素和中、微量元素的吸收，提高养分利用率。据在多种作物上试验，减少化肥用量30%～60%。
（3）预防病虫害：大量有益菌利用有机质在土壤中快速繁殖，很快成为优势菌，阻止其他病菌的繁殖，同时这些有益菌在繁殖过程中，还会产生各种酶和溶菌物质，杀灭土壤中的病菌，有效保护作物不被病菌侵染，预防病害的发生。
（4）提高产量和品质：微生物菌肥能改善土壤结构，预防病虫害的发生，促进根系生长，提高养分利用率，显著提高作物产量，增加瓜果着色度，口感好，甜度高，增花保果，促进早熟，改善果实品质。据在多种作物上试验，增产可达20%～60%。
（5）无毒无污染：微生物菌肥的主要成分是有机质和有益菌，不含有任何有毒有害物质，是生产绿色和有机农产品的首选肥料。
适用范围
微生物菌肥可广泛用于茄子、番茄、辣椒等蔬菜类，黄瓜、西瓜、甜瓜、苦瓜、南瓜等瓜果类，苹果、梨、桃、樱桃、葡萄等果树类以及药材花卉和粮、棉、油、花卉、苗木等各种作物。
使用方法
微生物菌肥是一种活的有益菌肥料，必须满足有益菌繁殖的环境条件，才能充分发挥出微生物菌肥的优势，达到杀菌治病，提高养分利用率，提高产量和品质的作用。
（1）做底肥：在作物播种前，一般每亩用30～40公斤，将微生物菌肥与农家肥、化肥或细土混均后沟施、穴施、撒施，可改善土壤结构，提高养分利用率，预防土传病害的发生。
（2）蘸根或灌根：对于黄瓜、番茄、辣椒、茄子等育苗移栽的作物，可在移栽时，每亩用微生物菌肥10～20公斤，兑水3～4倍，进行蘸根或栽后灌于根部，可有效保护根系，阻止病菌侵染，减少土传病害的发生。
（3）做冲施肥：在作物生长发育期，可用易溶于水的微生物菌肥15～30公斤与化肥混合，用适量水稀释后灌溉时随水冲施，不仅能提高养分利用率，减少养分流失，还能预防土传病害的发生。
