哈尔滨市水务局直属企事业单位包括：哈尔滨市水务科学研究院、哈尔滨市水利规划设计研究院、哈尔滨市内河管理处、哈尔滨市西泉眼水库管理处、哈尔滨市磨盘山水库管理处、哈尔滨市灌区管理处、哈尔滨市水利工程建设管理处、哈尔滨市水利工程质量监督站、哈尔滨市市江堤维修管理处、哈尔滨市水利征费办公室、哈尔滨市水资源管理办公室、哈尔滨市河道堤防管理处、哈尔滨市水政监察局、哈尔滨市滩涂开发管理办公室、哈尔滨水务投资有限责任公司、万家灌溉站、成高子灌溉站、哈尔滨水务局船队、市江北水城调度中心、市水文水资源勘测总站，共计20家。
