微灌灌溉保证率是由地面灌溉引申过来的，地面灌溉系统主要是输配水工程，其灌溉保证率主要是看灌溉水源来水量保证程度。微灌系统是通过一套专门的设备来实现灌溉的，作物需水要求的满足程度不仅与水源来水量有关，而且与系统灌溉能力和设备的完好程度有关，此时灌溉保证率包含水源来水量的保证程度和灌溉设备的保障程度两个方面。
微灌工程设计灌溉保证率在85%～95%中选取，丰水地区或农作物经济价值较高的，可取较高值；缺水地区或农作物经济价值较低的，可取较低值。《微灌工程技术规范》（GB/T 50485-2009）中明确规定，微灌工程设计保证率应根据自然条件和经济条件确定，不应低于85%。
75%灌溉保证率。
1.农业灌溉取用水限额水量核定灌区的农业灌溉取用水限额水量采用农业灌溉取用水限额值乘以灌区当年实际灌溉面积确定。对于跨市（州）灌区，采用各相关市（州）农业灌溉综合取用水限额值乘以灌区当年实际灌溉面积除以所跨市（州）到跨市（州）灌区计量位置（或渠首）的渠系水利用系数之和确定。2.规模化畜牧养殖场取用水限额及水量核定各类牲畜的取用水限额直接采用《四川省用水定额》（DB51/T 2138-2016）指标，规模化畜牧养殖场取用水限额水量核定为：各类牲畜的取用水定额乘以各类牲畜当年年底总饲养量之和确定。 3.水产养殖业取用水限额及水量核定水产养殖取用水限额直接采用四川省《用水定额》（DB51/T 2138-2016）指标，水产养殖业的取用水限额水量核定为：水产养殖业取用水定额乘以鱼塘养殖水面面积确定。4.林业取用水限额及水量核定林业灌溉取用水限额直接采用四川省《用水定额》（DB51/T 2138-2016）指标，林业取用水限额水量核定为：各类林业作物的取用水定额乘以各类林业作物当年灌溉面积之和确定。5.年度统计数据取用水限额水量计算中涉及到的当年实际灌溉面积、存（出）栏数或水产养殖水面面积等基础数据，应以纳税人当年度实际统计数据为准。纳税人在申报水量核定时，将其涉及计税的当年度实际统计数据和资料一并申报。纳税人年度取用水限额由县级水行政主管部门根据纳税人申报资料确定。6.灌溉保证率农业灌溉综合取用水限额表中数据为75%灌溉保证率的取用水量。当出现90%灌溉保证率时应乘以1.2系数，并由各市（州）水务局书面认定。
