防治上应严把“越夏菌源控制”、“秋苗病情控制”和“春季应急防治”这三道防线，做到发现一点，防治一片。具体防治上必须采取以种植抗病品种为主，药剂防治和栽培措施为辅的综合防治策略，才能有效地控制其为害。
(1)?选用抗病品种，合理品种布局。
(2)农业防治。一是适当晚插，避免过早播种，减少秋苗侵染机率。二是合理施肥。控氮、增磷、补钾，补充微量元素，增强小麦抗病力。三是合理灌溉，土壤湿度大或雨后注意开沟排水，后期发病重的需适当灌水，以减少产量损失。
(3)药剂防治。一是秋播前实行药剂拌种，用种子重量0.30%(有效成分)三唑酮，（即用25%三唑酮可湿性粉剂? 15克?拌麦种150千克或12.5%烯唑醇可湿性粉剂60－? 80克?拌麦种50千克），拌种力求均匀，拌过药的种子必须当天播完。二是小麦出苗后开展系统监测（出苗后一个月左右即12月中、下旬），对初见病叶或发病中心田块及时进行挑治或全田防治。三是春季在小麦拔节或孕穗期病叶普遍率达2%－4%，严重度达1%时，亩用15%三唑酮（粉锈宁）可湿性粉剂? 100克?，对水45公斤均匀喷雾。重病田块应间隔7—10天再用药一次。也可选用12.5%烯唑醇可湿性粉剂、25%?丙环唑乳油进行喷雾防治。
茎基腐病是土传病害，前茬作物把病菌留下土中，灌溉水或农事操作的传带都会感染下茬作物，土壤忽干忽湿或幼苗徒长，高温高湿都易发病。防治要在辣椒移栽定植前应清洁温室地面，进行高温闷棚。定植时，选用无病壮苗。增施磷、钾肥。发现病株用70%恶霉灵可湿性粉剂或30%苯醚甲环锉·丙环唑乳油灌根或喷雾茎基部。
