（1）生态工程中的生态农业是建立在物质循环再生、物种多样性和整体性等原理基础上的，在实现经济效益的同时，也取得了良好的生态效益和社会效益．
（2）该系统工程的核心之一是沼气池，沼气生产过程中的物质循环如图：
（3）物质循环的特点是循环往复、分层分级利用，从而达到取之不尽、用之不竭，即物质循环再生原理．如果把“无机物→农田”这一环节去掉，势必会造成物质循环受到破坏，土壤无机物得不到及时补充，土壤肥力会下降等．
（4）能量沿着食物链流动时，传递效率大约为10%～20%，因此最高营养级获得的总能量最低．但系统的总能量包括各生产环节上输出的产品能量，显然这个系统总能量利用率与单种作物的系统总能量利用率相比大大增加．
故答案为：
（1）物质循环再生、协调与平衡和整体性原理/系统的结构决定系统的功能/物种多样性原理
（2）
（3）土壤贫瘠，农作物产量下降
（4）C
