花椒也有病虫害，需要打药。一年四季根据害虫来打：
天牛。在立秋后出现，幼虫蛀食枝干，严重时造成整株死亡。防治方法：在秋季采收花椒时，将虫梢彻底剪除烧毁或用铁丝钩杀，再用棉花沾上煤油或巴丹粉混合液堵塞虫蛀孔；
凤蝶。成虫产卵于嫩芽或嫩叶背面，危害叶子，成锯齿状。防治方法：冬季剪枝时注意杀蛹，夏季扑杀成虫，在植株上喷蚍酸铝毒杀幼虫；
蚜虫。主要危害树叶。防治方法是：在10月中、下旬清除地中、树穴、石缝杂草，消除越冬场所，每年4月中旬用1500倍液乐果乳剂洒射植株；
叶锈病。主要危害叶片，高湿的夏秋季容易发病，发病初期椒叶面部呈圆形淡**病斑，以后病斑颜色逐渐加深呈黄褐色并有粉末状橙红色孢子产生。防治方法：6～8月喷施1～2次0.3～0.5度的石硫合剂或1000倍液甲基托布津。冬季结合修剪将落叶和树冠下的杂草铲除烧毁，同时喷洒2～3度石硫合剂；
根腐病。花椒幼苗，成年椒树染病后，地下根部呈水肿状，根皮易脱落，并有异臭味。防治方法：苗圃地应选择排水良好的沙质土地，苗床应做高厢，并注意排水。不在有根腐病的土壤内育苗。
